مدرسۀ (کاروانسرای) گنجعلی‌خان کرمان، یکی از بناهای شاخص کرمان در دورۀ صفویه است. آرایه‌های گچی ارزشمندی با شیوه‌های مختلف در این بنا اجرا شده است. ازجملۀ این آرایه‌ها، آرایه‌های گچی بوم‌ساب است که در اتاق شاه‌نشین در تمام اضلاع هم‌چنین سقف بنا اجرا شده است. از ویژگی‌های خاص این آرایه‌ها، رنگی بودن ملات در لایه‌های بستر زیرین و بستر رویی است که در سه رنگ قرمز، زرد و خاکستری قابل مشاهده است. لازم به ذکر است که در دوره‌های گذشته یک لایۀ اندود گچی بر سطح آرایه‌های گچی این بنا اجرا شده بوده که خوشبختانه در سال‌های گذشته، بخش زیادی از لایۀ الحاقی از سطح آرایه‌های گچی لایه‌برداری شده است. با توجه به متفاوت بودن این آرایۀ معماری ازنظر عمل‌آوری ملات رنگی و هم‌چنین فن اجرا و این‌که تاکنون مطالعۀ علمی دقیقی روی این آثار انجام نشده، در این مقاله ساختارشناسی ملات‌های رنگی این بنا انجام پذیرفته است. ازجمله پرسش‌های این پژوهش عبارتنداز: ملات‌های رنگی آرایه‌های گچی بوم‌ساب در این بنا دارای چه ساختاری است؟ فازهای اصلی و فرعی ترکیب ملات چیست؟ مادۀ رنگ‌زا در ملات‌های رنگی چه بوده است؟ در همین‌راستا اقدام به نمونه‌برداری شد (تعداد 7 نمونه) و آنالیزهای FT-IR, EDS, XRD برروی نمونه‌های مطالعاتی انجام پذیرفت که درکنار مطالعات میدانی به پرسش‌های پژوهش پاسخ داده شده است. نتایج حاصـل از پژوهش، گویای آن است که ملات گچ با فازهای اصلی ژیپس و انیدریت در لایه‌های مختلف استفاده شده است. هم‌چنین برای رنگی کردن ملات قرمز و زرد از اکسید آهن (گوئتیت) استفاده شده و برای ملات خاکستری از خاکستر و آهک استفاده شده است. هم‌چنین مواد آلی (استفاده جهت تغییر کیفیت ملات) در ساختار نمونه‌ها شناسایی نشد.