معماری مساجد در دورههای مختلف دستخوش تحولات گوناگونی بوده و هر دورۀ تاریخی ویژگیهای خاص خود را نمایان کرده است. دورۀ خوارزمشاهی، دورهای تاریخی است که محققان تاریخ معماری، بهعلت کوتاهی این دوره و حملۀ مغول، بعضاً ابنیۀ بهجامانده از آنرا درشمار آثار سلجوقی یا ایلخانی آوردهاند. با بررسی نمونههای دو دوره میتوان دریافت، هرچند معماری خوارزمشاهی در استمرار معماری سلجوقی شکلگرفته، ولی پیروی کاملی از آن نداشته است. هدف پژوهش این است که با بررسی ویژگیهای مسجد زواره و گناباد بهعنوان بناهای شاخص دوران سلجوقی و خوارزمشاهی، به شباهتهای معماری دو مسجد در دو دورۀ متوالی و تفاوتهای معماری دو مسجد در دو اقلیم مختلف بپردازد. مسجد زواره بهعنوان نمونۀ مطرح دورۀ سلجوقی در پایتخت سلجوقیان در شهر اصفهان واقعشده و مسجد گناباد همانند سایر مساجد خوارزمشاهی در منطقۀ خراسان قرار گرفته است. با مطالعۀ منابع کتابخانهای، مبانینظری بهدست آمد و با استفاده از راهبرد توصیفی-تحلیلی بههمراه روش مقایسۀ تطبیقی، ساختار فضایی و عملکردی دو مسجد موردتحلیل قرار گرفت. تحلیل تفاوتهای موجود در دو مسجد، با مراجعه به منابع کتابخانهای بهروش استنباطی بررسی شد. براساس یافتههای پژوهش، معماری دو مسجد، ویژگیهای مشترکی همچون: اهمیت جبهۀ جنوبی و ایوانهای آن، نقش انتقالدهندۀ میانسرا از اتصال به وصول و استفاده از آجر دارند که در دورۀ سلجوقی و خوارزمشاهی دنبال شده است؛ اما این دو مسجد دارای تفاوتهایی در تعداد ایوانها، نحوۀ جانمایی ورودی و شبستان و وجود و عدم وجود گنبدخانه و مناره، میباشند؛ درواقع، معماری مسجد گناباد بهلحاظ فضایی و عملکردی، تشابهاتی با مسجد زواره دارد، اما در سازماندهی فضا دارای ویژگیهای خاص خود است و باوجود مسجد زواره که با استفاده از گنبد و عناصر عمودی ابهتی کمنظیر دارد، از شیوۀ دوایوانی و فاقد گنبدخانه که در اکثر مساجد خراسان رایج بوده، بهره برده است.