در زمین‌باستان‌شناختی، با تشخیص و بررسی محتوای رسوبی و چینه‌نگاری لایه‌ها و مواد فرهنگی-باستانی می‌توان درک کامل و صحیحی از تاریخچۀ تحول‌های طبیعی-فرهنگی مکان‌های باستانی به‌‌دست آورد. پژوهش حاضر، نتایج مطالعات زمین‌شناختی اولیه در محدودۀ باستانی کافرستان یسن را ارائه می‌کند که با هدف شناخت کلی زمین‌شناسی محلی و زمین‌ریخت‌شناسی محدودۀ موردنظر انجام گرفته است. مکان‌های باستانی محدودۀ باستانی کافرستان یسن عمدتاً برروی تراس‌های فرسایشی دامنه‌ای احداث شده‌اند. در محدوده‌های استقراری مانند گردکولیسی، به‌نظر می‌رسد که سازه‌های معماری باستانی به‌عنوان تله‌های رسوبی برای انباشت رسوبات واریزه‌ای و آبرفت‌های دامنه‌ای عصر هولوسن روی سطح تراس‌های دامنه‌ای عمل کرده‌اند. محدودۀ زرگولسی برخلاف دیگر محدوده‌های باستانی در محدودۀ یسن، برروی یک برجستگی طبیعی (Natural Ridge) منفرد متشکل از سنگ‌های سیلتی و ماسه‌ای مشرف به رودخانۀ اشکول‌دره بنا شده است. مطالعۀ نهشته‌های رسوبی سطحی در نیم‌رخ‌های طبیعی و دیوارۀ ترانشه‌های حفاری نشان می‌دهد که در اغلب محدوده‌ها دو بخش رسوبی شامل رسوبات گراولی بسیار درشت درحدّ تخته‌سنگ و رسوبات گراولی ریزدانه در زمینۀ غنی از رس قابل‌تفکیک است. آثار معماری باستانی گاهی به‌صورت هم‌سطح با رسوبات گراولی درشت دیده می‌شود و در برخی از نقاط توسط رسوبات آبرفتی ریزدانه پوشیده است. پژوهش حاضر براساس فعالیت‌های میدانی و به‌روش توصیفی- تحلیلی، به‌دنبال پاسخ‌گویی به پرسش‌هایی هم‌چون: 1) چگونی ارتباط میان محیط زمین‌شناسی و زمین‌ریخت‌شناسی محدودۀ باستانی کافرستان یسن با ویژگی‌های فرهنگی محدوده‌های باستانی؛ و 2) میزان تأثیر ویژگی‌های محیطی محدودۀ مزبور بر کاربری و مکان‌گزینی محدوده‌های باستانی کافرستان است. به‌‌نظر می‌رسد رسوبات درشت‌ تخته‌سنگی مربوط به یک مرحلۀ رسوب‌گذاری قدیمی‌تر باشد که احتمالاً در یک نیم‌رخ دامنه‌ای متفاوت با وضعیت کنونی ته‌نشست یافته است. رسوبات آبرفتی ریزدانه عمدتاً محدود به لایه‌های سطحی است و احتمالاً نمایانگر رسوبات تاریخی (Historical Deposits) است که در یک نیم‌رخ دامنه‌ای مشابه با وضعیت کنونی ته‌نشست یافته است. در برخی از نقاط این رسوبات توسط یک سامانۀ آبراهه‌ای جدیدتر بریده شده است.

زمین‌باستان‌شناسی ابزاری توانمند در بازشناسی تعامل چشم‌انداز طبیعی و فرهنگی یک منطقه است. مهم‌ترین پرسش در این پژوهش، چگونگی تعامل زیستگاه‌های دشت شوشان و نظام آبی آن در دورۀ پیش از شهرنشینی بزرگ مقیاس منطقه است. در این مقاله، خلاصه‌ای از یک بررسی زمین‌باستان‌شناختی اخیر ارائه ‌شده که فرضیۀ رایج تأثیر فرهنگی میان‌رودان (بین‌النهرین) بر شوشان در تغییر الگوی زیستگاهی در هزاره‌های پنجم تا دوم پیش‌ازمیلاد، را به چالش می‌کشد. این بررسی در دو سطح خُرد و کلان، با کمک صدها رخنمود و پنجاه‌و‌یک مغزه، نهشته‌گذاری جریان‌های آبی کهن منطقه را بازشناسی کرده و با شواهد باستان‌شناختی از 10 زیستگاه در شوشان بزرگ تکمیل کرده است. این نمونه‌های رسوب در آزمایشگاه تجزیه‌ و تحلیل شده و برخی نیز به‌روش تابش‌گرمایی تاریخ‌گذاری شده‌اند. درنهایت، برهمکنش (تعامل) تغییر مکانی الگوی زیستگاهی و جریان‌های آبی با کمک نرم‌افزار GIS تحلیل فضایی شده‌‌ است. نتیجۀ این تحلیل دست‌کم سه نکته را تأیید می‌کند: نخست، حرکت باختری جریان‌های آبی شوشان هم‌زمان با دورۀ روستانشینی پسین؛ دوم، همسویی بی‌واسطۀ این تغییر نظام آبی و تغییر مکانی الگوی زیستگاهی در سطح خُرد و کلان؛ سوم، تفاوت چشمگیر چشم‌انداز طبیعی شوشان و میان‌رودان در این دوره. بدین‌ترتیب، تأثیر بی‌واسطۀ چشم‌انداز طبیعی در تغییر الگوی زیستگاهی شوشان و نیز واکنش فرهنگی به این تغییرات به‌شکل سازگاری با چشم‌انداز از دیدگاه کنام‌سازی و درهم‌تنیدگی بحث می‌شود. در پایان بر اهمیت روزافزون بررسی‌های هدفمند زمین‌باستان‌شناختی به‌ویژه در ایران تأکید شده است. نتیجۀ پژوهش پیشِ‌رو این گمان را تقویت کرده که نظام آبی این منطقه درطول این دوره بر اثر یک عامل بیرونی از تعادل خارج شده و ارتباط جریان‌های آبی کهن با یکدیگر در این منطقه را برای مدتی مختل کرده است.